保密协议一般加盖公司公章，但加盖合同章的，不影响保密协议效力。
员工对公司秘密负有保密义务的，用人单位可以和员工签订保密协议，保密协议签订后，员工要履行保密协议的约定，承担保密的责任。
保密协议补偿金生效说明：
1、竞业期间不支付经济补偿的，劳动者可以向人民提起诉讼解除协议；
2、对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
3、竞业的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员；
4、在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业期限，不得超过二年。
综上所述，依据相关法律规定，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。保密协议一般加盖公司公章，但加盖合同章的，不影响保密协议效力。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第十六条
【劳动合同的生效】劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条
【保密义务和竞业】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。