用人单位可以从劳动者的工资中代扣劳动者个人应缴纳的社保费用，这是合法的。法律依据： 有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资： （1）用人单位代扣代缴的 个人所得税 ； （2）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项 社会保险费 用； （3）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费； （4）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资： （一）用人单位代扣代缴的个人所得税； （二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用； （三）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费； （四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。 《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。 但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。