法律分析：
如果员工个人工资超过5000的话，是要开始扣费的，税率为3%。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第三条 个人所得税的税率：（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。