合作合同纠纷可通过和解、调解、仲裁、诉讼解决。首先协商和解或借调解解决争议。若不愿和解或和解不成，可依据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。若没有仲裁协议或协议无效，可向起诉。
法律分析
合作合同纠纷的处理如下：
1、合作合同纠纷可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决；
2、首先当事人协商和解或者借他人调解解决争议；
3、不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；
4、没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民起诉。
拓展延伸
合作合同纠纷解决的最佳实践
合作合同纠纷解决的最佳实践包括以下几个方面：首先，及时沟通和协商是解决合作合同纠纷的关键。双方应当保持积极的沟通态度，通过面对面会谈或书面交流，明确表达各自的意见和诉求，寻求共同的解决方案。其次，可以考虑采用调解或仲裁等非诉讼方式解决纠纷。这些方式通常更迅速、灵活，并能够保护双方的商业关系。另外，合同中的争议解决条款也应得到充分重视，明确约定争议解决的程序和方式，以避免冲突和争议的进一步升级。最后，如果无法通过协商或非诉讼方式解决纠纷，可能需要诉诸诉讼解决。在这种情况下，双方应寻求合格的律师代表，并准备充分的证据和相关文件，以支持自己的主张。总之，通过及时沟通、采用适当的解决方式和合同条款的明确约定，可以最大程度地降低合作合同纠纷的风险，并实现合作关系的持续发展。
结语
合作合同纠纷的解决方法多种多样，包括和解、调解、仲裁和诉讼等。及时沟通和协商是解决纠纷的关键，调解和仲裁等非诉讼方式也是可行的选择。合同中的争议解决条款应得到重视，并在必要时寻求诉讼解决。通过合适的解决方式和明确的合同条款，可以降低纠纷风险，促进合作关系的发展。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第二百二十九条
因人民、仲裁机构的法律文书或者的征收决定等，导致物权设立、变更、转让或者消灭的，自法律文书或者征收决定等生效时发生效力。
第二百三十条
因继承取得物权的，自继承开始时发生效力。
第二百三十一条
因合法建造、拆除房屋等事实行为设立或者消灭物权的，自事实行为成就时发生效力。
第二百三十二条
处分依照本节规定享有的不动产物权，依照法律规定需要办理登记的，未经登记，不发生物权效力。
第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
第二百三十四条
因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。